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Selon les partisans des médecines alternatives, en libérant régulièrement l'intestin des déchets précités, tout l'organisme devrait en bénéficier en termes de santé, puisqu'un tube digestif « intoxiqué » pourrait créer des problèmes non seulement pour le système digestif, mais aussi pour pour d'autres appareils et systèmes du corps, avec des conséquences négatives sur l'ensemble de l'état de santé de l'individu.
La détoxification intestinale en médecine alternative se pratique à travers un nettoyage de l'intestin qui peut s'effectuer par l'adoption d'un type de régime particulier, avec la prise en charge de remèdes naturels particuliers et avec l'exécution de lavages intestinaux.
Malgré le nombre croissant de personnes s'approchant de ces traitements alternatifs, il n'y a aucune preuve scientifique qui puisse confirmer les avantages. Au contraire, l'utilisation de ces traitements alternatifs peut entraîner l'apparition d'effets secondaires plus ou moins graves.