L'odeur des selles est principalement liée aux processus de putréfaction qui affectent les acides aminés échappés de l'absorption intestinale. Ces nutriments sont en effet interceptés par les bactéries du côlon, subissant un processus de décarboxylation qui produit les amines toxiques suivantes :
arginine → agmatine
cystine et cystéine → mercaptan
histidine → histamine
lysine → cadavérine
ornithine → putrescine
tyrosine → tiratine
tryptophane → indole et skatole
Beaucoup de ces substances donnent aux selles une odeur particulièrement désagréable. Les selles deviennent assez malodorantes même lorsqu'elles restent longtemps dans l'intestin, ainsi que dans les cas de malabsorption précités (maladie coeliaque, insuffisance pancréatique, infections intestinales, maladie de Crohn, rectocolite hémorragique, syndrome de l'intestin court, mucoviscidose, foie maladies des voies biliaires et gastriques accompagnées d'hypochlorhydrie). Lorsque la malabsorption est majoritairement protéique, l'odeur des selles est nauséabonde, alors qu'elle devient âcre et pénétrante lorsque de grandes quantités de sucres et d'amidons non absorbés ou mal digérés arrivent dans le côlon, puis fermentés par la flore locale avec production d'acides gras volatils .
La diarrhée et les excréments du végétarien sentent mauvais.
Les selles à odeur de poisson ou de sperme sont caractéristiques de la dysenterie bacillaire, du choléra et plus généralement de la mucorrhée.
En résumé, l'odeur des selles est donc influencée par les habitudes alimentaires (quantité de protéines, aliments aromatiques comme l'ail ou les oignons, etc.), par la flore bactérienne intestinale, par l'état de santé et par des habitudes particulières (comme fumer ou mâcher tabac) De manière générale, la consommation de repas petits et équilibrés, sans associer de grandes quantités d'aliments "incompatibles" (voir régime dissocié), permet d'optimiser les processus digestifs, de réduire l'incidence des troubles comme le météorisme et les flatulences, et de donner le selles une odeur sui generis.
Tout cas dans lequel la mauvaise odeur des selles s'accompagne de symptômes tels que selles noires, goudronneuses ou pâles, présence de sang dans celles-ci, fièvre, frissons, crampes abdominales sévères, présence abondante de mucus dans les selles et perte de poids.
