La muqueuse intestinale est la couche la plus interne de l'organe, en tant que telle, elle fait directement face à la lumière de l'intestin, en contact étroit avec les produits de la digestion.
Au-dessous de la muqueuse, en allant vers l'extérieur, les tuniques restantes se rejoignent : la sous-muqueuse, la musculeuse et la séreuse.
La muqueuse intestinale est à son tour composée de trois parties distinctes : une seule couche de cellules épithéliales, un tissu conjonctif qui maintient l'épithélium (la lamina propria) en place et une petite couche de muscle lisse, appelée musculeuse muqueuse, qui le sépare de la tunique ci-dessous.
Dans l'intestin grêle, la muqueuse intestinale a un aspect velouté, conféré par la présence généralisée de petites crêtes en forme de doigts appelées villosités intestinales.
Tout comme les plantes absorbent les nutriments dans le sol par leurs racines, les villosités intestinales absorbent des substances essentielles à la croissance et à la survie des cellules.
Les villosités intestinales (voir figure) ont pour but d'augmenter la surface absorbante, encore étendue par le soulèvement de la muqueuse en replis macroscopiques et par l'affaissement de la couche épithéliale :
les nombreux replis de la muqueuse intestinale du duodénum et du jéjunum sont appelés plis, plis semi-lunaires ou valves de connivence, tandis que les invaginations tubulaires de l'épithélium, qui pénètrent profondément dans le tissu conjonctif de soutien, sont appelées cryptes.
On estime que la muqueuse intestinale est recouverte d'environ 40 millions de villosités, soit environ 18 à 40 par millimètre carré. Chaque villosité est constituée d'un axe conjonctif recouvert d'une seule couche de cellules absorbantes, dont la membrane - tournée vers la lumière - présente de fines protubérances cytoplasmiques à la manière d'un doigt de gant.Ces minuscules reliefs, visibles uniquement au microscope électronique, sont appelés microvillosités et constituent ensemble la bordure en brosse.
La conformation particulière des cellules absorbantes, également appelées entérocytes, a pour but de maximiser la capacité de digestion et d'absorption de l'organisme.
Parmi les entérocytes numériquement les plus nombreux se distinguent des cellules caliciformes qui sécrètent du mucus dans la lumière intestinale. Cette substance visqueuse et lubrifiante est chargée de protéger la muqueuse intestinale des agressions des acides et des produits digestifs, ainsi que des enzymes digestives qui pourraient l'agresser.
Dans les sillons aménagés entre les villosités, nous trouvons un autre composant, représenté par les glandes de Galeazzi ou les cryptes de Lieberkuhn, réparties dans tout l'intestin grêle et également présentes dans le gros intestin. Les cryptes sont constituées de cellules qui vont mûrir en entérocytes (cellules absorbantes), d'autres qui traitent le mucus, de cellules séreuses qui synthétisent des protéines enzymatiques, de cellules de Paneth qui produisent du lysozyme et d'autres enzymes antimicrobiennes, et de cellules affines à l'argent de l'appareil gastro-intestinal. -système endocrinien intestinal, qui produisent des hormones endocrines et paracrines pour faciliter la digestion et l'absorption.
La muqueuse intestinale "