Du point de vue chimique, le fondaparinux est un pentasaccharide sulfaté synthétique dont la structure chimique est basée sur la partie active de l'héparine non fractionnée.
Comme les autres héparines, le fondaparinux doit être administré par voie parentérale et notamment par injection sous-cutanée pour agir. Dans certains cas, cependant, l'ingrédient actif peut également être administré par voie intraveineuse par un personnel médical spécialisé.
En Italie, le fondaparinux est disponible dans un seul médicament appelé Arixrtra®. Le médicament se présente sous la forme d'une solution injectable prête à l'emploi contenue dans des seringues préremplies. Pour être délivré, ce médicament nécessite une prescription médicale. répétable ; cependant, étant classé comme médicament de classe A, son coût (certes élevé) peut être remboursé par le National Health System (NHS).