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Concrètement, la pancoloscopie permet de visualiser les parois internes du gros intestin dans toutes ses sections, jusqu'à atteindre, lorsque cela est possible, la dernière section de l'intestin grêle.
Au même titre que la coloscopie, l'examen comporte l'introduction, par l'orifice anal, d'un vidéo-endoscope, que l'on fait remonter lentement à travers les anses de l'intestin ; la différence substantielle réside dans la taille de la sonde, qui est plus longue et plus souple en pancoloscopie.
La procédure vise donc à investiguer les pathologies intestinales, des maladies inflammatoires chroniques aux tumeurs.En plus d'apporter une aide au diagnostic, la pancoloscopie peut également être utilisée pour retirer des lésions (comme les polypes intestinaux) et/ou prélever des échantillons de tissu.