Le pH des selles est normalement neutre ou légèrement alcalin (6,8 - 7,5). Des selles plus acides, physiologiques uniquement chez le nouveau-né, peuvent indiquer des infections intestinales (Escherichia coli, Rotavirus) ou des troubles digestifs, comme une intolérance au lactose ou aux graisses (stéatorrhée due à une insuffisance pancréatique ou une stase biliaire).
Le pH des selles est influencé par les habitudes alimentaires du sujet ; par exemple, les régimes trop riches en viandes et en produits laitiers rendent les selles plus alcalines. La flore bactérienne intestinale putréfiante, en effet, détruit les acides aminés qui ont échappé à l'absorption, générant des amines toxiques et nauséabondes ; par conséquent, le pH des selles a tendance à augmenter en raison de la production accrue d'ammoniac. Ce n'est donc pas un hasard si un pH fécal trop alcalin, accompagné d'une diminution des acides gras à chaîne courte (voir butyrate), a été associé à un risque accru de cancers colorectaux.
Si le pH des selles tend à augmenter en présence de dysbiose putréfiante, il tend à diminuer en présence de dysbiose fermentaire, dont les causes se trouvent dans l'ingestion excessive de glucides ou dans une mauvaise absorption de ceux-ci ( maladie cœliaque). Même en présence d'un « apport lipidique abondant, dans les régimes végétariens et à jeun prolongé, le pH des selles devient acide.
Pour éviter de fausser les résultats du test, les selles ne doivent pas être contaminées par l'urine et doivent être réfrigérées rapidement pour éviter que l'ammoniac urinaire et les bactéries putréfiantes ne rendent le pH fécal alcalin.